Источник: Письмо ФНС от 20.06.2016 № БС-4-11/10956

Если налоговый агент предоставляет работнику налоговые вычеты по НДФЛ, то в строке 130 раздела 2 расчета 6-НДФЛ следует показать всю сумму полученного работником дохода. Уменьшать эту сумму на вычеты не нужно.

Такой подход касается не только стандартных, но также и имущественных и социальных вычетов, которые работник вправе оформить и получать по месту работу по своему заявлению. Строку 130 6-НДФЛ на эти вычеты уменьшать никогда не нужно. То есть, если работнику начислено 12 000 рублей, то всю эту сумму покажите в строке 130 расчета. Суммы вычетов показывайте в строке 030.