НДС, предъявленный налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет субсидий или бюджетных инвестиций, к вычету не принимается (подлежит восстановлению) в силу п. 2.1 и подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.
Если компании предоставлены инвестиции из федерального бюджета, которые она в дальнейшем перечисляет в виде займа третьим лицам, реализующим инвестиционные проекты, то суммы НДС, предъявленные этим лицам при покупке принимают к вычету в общем порядке. Поэтому указанные выше положения в данном случае не применяются.
Если же заем третьего лица в дальнейшем на основании дополнительного соглашения к договору займа конвертирован во вклад в уставный капитал, то ранее принятые к вычету суммы НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет заемных средств, на основании подп. 6 пункта 3 ст. 170 НК РФ нужно восстановить.
Такие разъяснения Минфина России от 26.11.2021 № 03-07-15/96173 ФНС привела в письме от 30.11.2021 № СД-4-3/16725.