С 01.01.2018 года действуют поправки, которые запретили применять вычеты при приобретении товаров за счет субсидий и бюджетных инвестиций (новый п. 2.1 ст. 170 НК РФ). Кроме того, был уточнен порядок восстановления вычетов (подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ).
Минфин в письме от 02.04.2018 № 03-07-15/20870 разъяснил порядок применения НДС с учетом этих изменений. Как он поясняет, механизм исчисления НДС, применения и восстановления вычетов зависит от вида субсидии. Так, субсидии на обеспечение будущих затрат не включают в базу по НДС, а вычеты по товарам, приобретённым за счет этих субсидий, получить нельзя.
Если плательщик потратил субсидию на возмещение своих затрат, то в налоговую базу её не берут, а вычет восстанавливают по тем товарам, которые куплены за счет этих субсидий.
Если субсидии потрачены на компенсацию недополученных доходов, то по общему правилу их включают в налоговую базу. Исключение – получение субсидий по причине применения государственных регулируемых цен или продажи товаров (работ, услуг) с учетом льгот. При этом вычеты по приобретенным товарам (работам, услугам) применяют в любом случае.