При получении авансовых платежей счета-фактуры выставляют не позднее 5 календарных дней со дня получения полной или частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг). Исключений из этого правила нет. Поэтому, например, если аванс получен 15-го числа, а услуга оказана 30-го числа того же месяца, то счет-фактура должен быть выставлен как при получении аванса, так и при отгрузке в счет этого аванса.
Если аванс получен в одном налоговом периоде (например, 31 декабря), а отгрузка в счет его состоялась в другом налоговом периоде в пределах 5 календарных дней с момента получения предоплаты (например, 2 января), то продавец обязан выставить «авансовый» счет-фактуру покупателю в течение 5 календарных дней со дня получения аванса. Затем этот счет-фактуру он регистрирует в книге продаж за IV квартал, а счет-фактуру, выставленный при отгрузке, — в книге продаж за 1-й квартал.
Если же получение аванса и отгрузка произошли в одном квартале и временной период между этими событиями не превысил 5 календарных дней, то счет-фактуру на аванс можно не выставлять.
Источник: сайт ФНС.