Как уточнили в ведомстве, действующий НК РФ не запрещает и не ограничивает применение стандартного вычета НДФЛ в те периоды, когда работники состояли в трудовых отношениях с организацией, но не получали облагаемый налогом доход. Исходя из этого, если в определенные месяцы сотрудники не получали зарплату, работодатель все равно предоставляет вычет отдельно за каждый месяц, включая те, когда выплаты отсутствовали.
Например, если сотрудник получили зарплату за январь-март в марте, и при этом она превысила 350 000 руб., то при расчете НДФЛ компанией-работодателем предоставляется вычет за январь-февраль. При этом за март, когда был выплачен весь доход, этого не делают.
Дополнительно в ФНС уточнили, что при формировании и предоставлении отчетности заработная плата за два-три месяца, выплаченная организацией после задержки, относится к тому месяцу, в котором она была непосредственно получена работником.
Исходя из данного уточнения, этот доход (код «2000») необходимо указать в приложении № 1 «Справка о доходах и суммах налога физического лица» при подаче формы 6-НДФЛ за год, отметив в соответствующем пункте номер месяца, в котором сумма была выплачена.
Источник: сайт ФНС