По общему правилу, если организация или ИП перечислили налог с опозданием, то пени начисляются за каждый день просрочки. Пени начинают «капать» со дня, следующего за сроком уплаты налога (п. 3 ст. 75 НК РФ).
Однако в какой именно день прекращается начисление пеней? Налоговый кодекс РФ прямо на этот вопрос не отвечает. При этом в Минфине полагают за день, когда организация или ИП заплатили налог, пеней быть уже не должно, поскольку в этот уже нет никакой недоимки (письмо Минфина России от 05.07.2016 № 03-02-07/2/39318).
Такой вывод, безусловно, выгоден для налогоплательщиков. Причем, заметим, к такому выводу в Минфине пришли, несмотря на то, что судьи считают, что пени в день погашения задолженности ещё должны продолжать начисляться (пункты 57, 61 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57).