Премии, чаще всего, выплачивается одновременно с зарплатой. Но как уплачивать НДФЛ? Нужно ли бухгалтеру формировать одну или две платежки?

В такой ситуации следует оформлять две платежки с разными показателями в поле 107 платежного поручения. Дело в том, что зарплата становится доходом в последний день месяца, за который она начислена. А премия становится доходом непосредственно в день ее выплаты. Соответственно, нужно оформить два платежных поручения, чтобы поступающие платежи соотносились с показателями расчета 6-НДФЛ, в котором премии также выделяются особым образом.
См. «Как отразить выплату премии в расчете 6-НДФЛ».

Более подробно о том, что нужно записать в поле 107 каждой из платежек читайте в статье «Заполняем поле 107 в платежном поручении в 2016 году для уплаты НДФЛ».